Il Santuario sorge sull'omonima via della Misericordia, nel punto esatto in cui si incrociano i Comuni di Vedano al Lambro, Biassono e Lissone. La chiesetta originale, datata attorno alla seconda metà del XV secolo, fu dichiarata Santuario in seguito ad un'apparizione mariana, avvenuta nel periodo della peste manzoniana. Durante quel contagio gli abitanti di Vedano si allontanarono dalle loro case in cerca di zone meno pericolose e giunte al luogo dove sorge oggi la chiesa vi apparve la Madonna che li rassicurò e li invitò a tornare nelle loro abitazioni, dicendo che la peste sarebbe cessata, cosa che in effetti avvenne.
E proprio a quella peste si riferisce l'affresco del catino presbiterale, realizzato dal pittore Luigi Tagliaferri: su uno sfondo appare la Madonna seduta su un cumulo di nubi con il Bambino Gesù Benedicente in grembo, ai lati gruppi di fedeli invocano la protezione della Vergine.
La devozione a questo Santuario accrebbe durante le due guerre mondiali e ancora oggi è molto viva.
La chiesa è una delle tappe del Cammino di Sant'Agostino.
